การคัดเลือกพันธุ์ข้าวแบบคัดพันธุ์บริสุทธิ์ พันธุ์ข้าวที่ใช้เมล็ดพันธุ์ปลูกติดต่อกันต่อเนื่องหลายฤดูกาล โดยไม่ได้คัดเลือกอย่างถูกวิธี เช่น พันธุ์ข้าวพื้นเมือง มักจะมีปัญหาจากการปะปนจากพันธุ์อื่น ทำให้ต้นข้าวในแปลงมีความแตกต่างกันหลายลักษณะ ทำให้ผลผลิตที่ได้ด้อยคุณภาพ