ในระหว่างการเก็บเกี่ยว การขนส่ง การเก็บรักษา และการวางจําหน่ายข้าวโพดฝักอ่อน จะเกิดการสูญเสียน้ำมาก ทำให้ฝักเหี่ยวเป็นสีน้ำตาล น้ำหนักลดลง เมื่อเก็บไว้นานความหวานจะลดลง อาการฝักเน่าและบวมจะปรากฏมากขึ้น การปอกเปลือกข้าวโพดฝักอ่อนถ้าไม่มีความชํานาญจะทําให้ฝักอ่อนเกิดบาดแผลหรือ เกิดอาการช้ำได้ นอกจากนี้อาการช้ำที่เกิดจากการบรรจุหีบห่อ การขนส่ง และการปฏิบัติการอื่น ๆ ทําให้ง่าย ต่อการที่เชื้อราบางชนิดเข้าทําลายได้ง่ายขึ้น ข้าวโพดฝักอ่อนเมื่อนำมาเก็บรักษาไว้ระยะหนึ่งไม่ว่า จะในสภาพอุณหภูมิห้องหรือในห้องเย็น ก็จะเกิดการเน่าเสียเกิดขึ้นเนื่องจากเชื้อรา เช่น โรคฝักเน่า (Ear Rot) สาเหตุจากเชื้อ Helminthosporium maydis, Fusarium spp; Rhizopus spp., Aspergillus spp.Penicillium spp. และโรคราเขม่าดํา สาเหตุจากเชื้อ Ustilago maydis นอกจากนี้ยังพบเชื้อบัคเตรีบางชนิดที่ทําให้เกิดอาการฝักเน่าและบวมกับข้าวโพดฝักอ่อนได้ สําหรับแนวทางในการแก้ไข สามารถทําได้โดย
1. หลีกเลี่ยงการเกิดบาดแผลหรือความชอกช้ำบนฝัก ซึ่งเริ่มตั้งแต่การปอกเปลือกตลอดจนการบรรจุหีบห่อ การขนส่ง การปฏิบัติอื่น ๆ หลังการเก็บเกี่ยว
2. การทำความสะอาดเพื่อลดปริมาณของเชื้อราตามที่ต่าง ๆ เช่น เครื่องมือ เครื่องใช้ มีด หรือภาชนะที่ใช้ตั้งแต่การเก็บเกี่ยวถึงการบรรจุหีบห่อ และการทำความสะอาดห้องเก็บรักษา (ห้องเย็น) ในรูปของแก๊สหรือใช้สารละลายที่ใช้ฆ่าเชื้อโรคที่ภายนอก เช่น ฟอร์มาลดีไฮด์ (Formaldehyde) อัตรา 1-2 % ในน้ำฉีดพ่นหรือใช้โซเดียมไฮเปอร์คลอไรด์ เป็นต้น
3. การลดอุณหภูมิของผลผลิตหลังการเก็บเกี่ยว และการรักษาผลิตผลไว้ในอุณหภูมิดังกล่าว จะช่วยชะลอการเจริญเติบโตของเชื้อโรค และทำให้การสูญเสียน้ำและความหวานลดลง
4. ในการปฏิบัติดูแลรักษาข้าวโพดฝักอ่อนในแปลงปลูก ต้องดึงช่อดอกตัวผู้ทิ้งให้หมด ก่อนที่ข้าวโพดจะมีโอกาสผสมเกสร เพื่อป้องกันอาการเมล็ดบวมขึ้นภายหลัง
5. การบรรจุหีบห่อ เป็นวิธีการหนึ่งที่จะช่วยในการป้องกันผลิตผลให้มีคุณภาพดี และยังทําให้เป็นที่ดึงดูดใจผู้ซื้อมากยิ่งขึ้น การบรรจุข้าวโพดอ่อนในปริมาณมากเกินไปในกล่องเดียวกัน ก็จะทําให้ผลิตผลได้รับความเสียหายและเน่าเสียเร็วยิ่งขึ้น
