จากการศึกษาองค์ประกอบทางเคมีและชีวภาพ ของปุ๋ยอินทรีย์น้ำแต่ละชนิดที่วิเคราะห์โดยกรมพัฒนาที่ดินและกรมวิชาการเกษตร พบว่าประกอบด้วย ธาตุอาหารหลัก ธาตุอาหารรอง ธาตุอาหารเสริม (จุลธาตุ) กรดอินทรีย์ พวกกรดฮิวมิก ฮอร์โมน พวกออกซิน จิบเบอร์เรลลิน และไซโตไคนิน เอนไซม์บางชนิด และจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์บางชนิด
องค์ประกอบที่สำคัญและน่าสนใจ ในที่นี้จะนำแจกแจงรายละเอียดในบางตัว ได้แก่
1. ธาตุอาหารหลักและธาตุอาหารรอง
ธาตุอาหารหลัก ได้แก่ ไนโตรเจน(N) ฟอสฟอรัส(P) และโพแทสเซียม(K) เป็นธาตุที่มีความจำเป็นที่พืชต้องการ ในปริมาณมาก แต่ปริมาณธาตุอาหารหลักในปุ๋ยอินทรีย์น้ำ แต่ละชนิดจะมีความแตกต่างกันขึ้นอยู่กับวัสดุอินทรีย์ที่ นำมาใช้หมัก ส่วนใหญ่จะพบว่ามีปริมาณธาตุอาหารน้อยมากไม่เพียงพอต่อความต้องการของพืช (ดังตารางที่ 1) ยังมีความจำเป็นต้องเสริมการใช้ปุ๋ยเคมีร่วมกับปุ๋ยอินทรีย์ชนิดอื่นๆด้วย
ธาตุอาหารรอง ได้แก่ แคลเซียม (Ca) แมกนีเซียม(Mg) และกำมะถัน(S) เป็นธาตุที่พืชต้องการในปริมาณที่รองลงมาจากธาตุอาหารหลักตามตารางที่ 1
จากตารางที่ 1 ปุ๋ยอินทรีย์น้ำปลาจะมีปริมาณ ไนโตรเจน ฟอสฟอรัส โพแทสเซียมและแคลเซียม มากกว่าปุ๋ยอินทรีย์น้ำชนิดอื่น สำหรับปริมาณธาตุอาหารหลักและรองในปุ๋ยอินทรีย์น้ำหอยเชอรี่จะมีแคลเซียมมาก เช่นเดียวกันกับปุ๋ยอินทรีย์น้ำปลา แต่มีปริมาณธาตุอาหารชนิดอื่นใกล้เคียงกันกับปุ๋ยอินทรีย์น้ำผักและผลไม้
2. ธาตุอาหารเสริม (จุลธาตุ)
เป็นธาตุอาหารที่พืชต้องการในปริมาณน้อย แต่มีความจำเป็นต่อการเจริญเติบโตและให้ผลผลผลิตของพืช หากขาดพืชจะไม่เจริญเติบโตครบวงจรชีวิตหรือทำให้คุณภาพของผลผลิตต่ำลง แต่ถ้ามีมากเกินไปจะเป็นพิษต่อพืช ธาตุอาหารในกลุ่มนี้ได้แก่ เหล็ก(Fe) แมงกานีส(Mn) สังกะสี(Zn) ทองแดง(Cu) โบรอน(B) โมลิบดินัม(Mo) และคลอรีน(Cl) ซึ่งปริมาณธาตุอาหารเสริมในปุ๋ยอินทรีย์น้ำชนิดต่างๆ ตามตารางที่ 2
จากตารางที่ 2 ปุ๋ยอินทรีย์น้ำจากปลาและปุ๋ยอินทรีย์น้ำ หอยเชอรี่จะมีปริมาณธาตุอาหารเสริมมากกว่าปุ๋ยอินทรีย์น้ำชนิดอื่น เมื่อพิจารณาปริมาณเหล็กในปุ๋ยอินทรีย์น้ำ จะพบมากในปลา กระดูกป่น และหอยเชอรี่ ปริมาณแมงกานีสพบมากในปุ๋ยอินทรีย์น้ำปลา กระดูกป่น และหอยเชอรี่
3. ความเป็นกรดเป็นด่าง (pH)
ค่าความเป็นกรดเป็นด่าง มีความสัมพันธ์กับชนิด และจำนวนของจุลินทรีย์ โดยค่า pH ของน้ำหมักจะมีความเป็นกรดสูง (ค่าน้อยกว่า 4) การที่ค่า pH ของปุ๋ยอินทรีย์น้ำเป็นกรดแสดงให้ทราบถึงการเกิดกระบวนการหมัก และถ้าค่า pH ของปุ๋ยอินทรีย์น้ำมีประมาณ 3.0 – 4.0 แสดงว่ากระบวนการหมักเกิดสมบูรณ์แล้ว โดยสังเกตจากฟองก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์(CO2) ที่เกิดขึ้นในช่วงเริ่มต้นและระยะกลางของกระบวนการหมัก
4. กรดฮิวมิก (humic acid) ในปุ๋ยอินทรีย์น้ำ
กรดฮิวมิกจะมีคุณสมบัติช่วยเร่งอัตราการเจริญเติบโตของรากและลำต้นได้ดี ปริมาณกรดฮิวมิกในปุ๋ยอินทรีย์น้ำ จากหอยเชอรี่อยู่ระหว่าง 3.07-4.45 เปอร์เซ็นต์ สำหรับปุ๋ยอินทรีย์น้ำจากพืชชนิดต่างๆ จะมีปริมาณกรดฮิวมิกไม่เกิน 1 เปอร์เซ็นต์ จากตารางที่ 3 ปุ๋ยอินทรีย์น้ำจากปลาจะมีกรดฮิวมิกมากที่สุด
5. ฮอร์โมนในปุ๋ยอินทรีย์น้ำ
บทบาทของฮอร์โมนหรือสารเร่งการเจริญเติบโตที่มีต่อการเจริญของพืชและจุลินทรีย์จะพบว่ามีฮอร์โมน 3 ชนิด ที่มีความสำคัญต่อพืชและจุลินทรีย์ คือ ฮอร์โมน ออกซิน จิบเบอร์เรลริน และไซโตไคนิน ดังแสดงไว้ในตารางที่ 3 โดยฮอร์โมนดังกล่าวนี้จะช่วยในการเร่งอัตราการเจริญเติบโตของพืช ขยายพันธุ์ของเซลล์จุลินทรีย์ ส่งเสริมการออกดอกติดผลดีขึ้น และกระตุ้นการสุกของผล
จากตารางที่ 3 ปุ๋ยอินทรีย์น้ำจากน้ำผักและผลไม้ จะมีฮอร์โมนพืชในปริมาณสูงเมื่อเปรียบเทียบกับชนิดอื่นรองลง มาได้แก่ปุ๋ยอินทรีย์น้ำจากหอยเชอรี่
